医学形态学实验室位于兰州大学城关东校区医学综合实验楼2楼北侧、南侧和榆中校区贺兰堂4楼；医学校区共有实验室21间，榆中校区共有实验室4间。现有管理和实验技术人员12人，其中专职实验技术人员11人。

  医学形态学实验室现有设备700余台件，总值约900万元。主要包括数码互动显微镜110台，普通生物显微镜370台，三目显微镜及图像采集系统8套，荧光显微镜及图像采集系统1套。此外，还包括全自动组织脱水机、包埋机、石蜡切片机、冰冻切片机、多功能染色机、生物安全柜、超净工作台、全自动酶标仪、霉菌培养箱、恒温培养摇床、纯水仪、CO₂细胞培养箱、离心机等设备200余件。

  医学形态学实验室依托实验室现有的仪器设备及实验技术力量，建设形态学制片、显微图像采集及分析、组织与细胞培养、生物安全实验等子平台，以硬件设施保证实验开展。同时，持续推进软件开发，自主研发《医学微生物学实验图片库管理系统 V1.0》等教学软件3项，建设《肿瘤动物模型的建立及荷瘤小鼠的病理学检测》等虚仿项目3项，建成医学形态学虚拟仿真教学系统（教学网站http://morlab.lzu.edu.cn），为实践教学提供软件支撑。通过这些教学创新实验平台的开放，为在校医学本科生提供相应的仪器支持及技术指导，完成大学生创新开放型实验。