基础医学实验教学中心成立于2004年，2007年被评为“甘肃省基础医学实验教学示范中心”。目前“中心”下设人体解剖学实验室、医学机能学实验室、医学形态学实验室、生物化学与分子生物学实验室。

  “中心”拥有40多个本科生基础课实验室和4个本科综合创新实验室，总面积5304平方米。设备总台套数：1700，设备总值：3782万元，年运行经费100万左右。承担着全校临床医学、临床医学（农村订单定向）、基础医学、麻醉学、医学影像学、医学检验学、护理学、预防医学、公共事业管理、口腔医学、药学、儿科学共12个专业的26门实验课程，包括基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院共6个学院在内的3000余名本科生的基础医学实践教学任务，近五年实验教学时数达3.68万学时/年，人学时数达53万/年。